如何使用PrimerPremier5软件设计PCR引物?_飞外网

攻读生物相关专业硕士、博士研究生或从事生物相关行业的人员经常会做到PCR实验,而进行PCR的实验的首要前提则是需要设计一对好的引物,只有引物设计得恰当、合理,那么PCR实验才能进行得顺利,并得到自己想要的目的扩增产物。设计PCR引物的网站、软件有很多种,但最经典的应该算是Primer Premier 5软件,目前为止,还有不少人用该软件设计引物,所以这里就简要介绍下如何用该软件进行一般PCR引物的设计。

操作方法01

首先下载安装并激活Primer Premier 5 软件,打开软件,点击左上角,选择“File”→ “New” →“DNA Sequence”,然后复制参考模板DNA序列,在输入框内点击Ctrl+V键,将DNA序列粘贴进来:

02

接着点击左上角“Primer”按钮,再点击“Search” 按钮:

03

然后选择并输入一些参数,一般最上面点击“PCR Primer”,下面选择“Pairs”,然后输入上游(正义,Sense)链引物及下游(反义,Anti-sense)链引物的设计位置范围,这个需要你预先知道你要扩增的片段在哪里,大概估算一下,比如我想扩增参考模板序列的200-2100中间这1900bp长度的片段,我的上游引物就在1-200之间,下游引物就在1900-最尾部之间;接着再输入一下PCR产物大小范围,很简单,比如我想要200-2100中间的1900bp ,那么最小的PCR产物大小应该是1900bp,当然,一般软件设计都会大于这个长度的,所以最大的长度可以不受限,但越长往往越难扩,所以适度就好,这里我就输入参考模板的最大长度;然后再选择一下设计的引物长短区间,一般23±3bp或5bp,引物长度越长,一般退火温度也会越高,搜索模式的话一般是选择自动“Automatic”:

04

接着按左下角的“OK”按钮,再点一次弹出窗口的“OK”:

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这时,软件自动将已经设计好的引物展示在右上角的窗口,默认按引物对的分数从高到低进行排列,选中(巴黎世家是什么梗?2020年的七夕时,Balenciaga依靠“土味广告”成功出圈,迅速在时尚圈掀起了一场流量与话题的狂欢,当时无一不在诟病七夕限定的“土味”。之后又凭借巴黎世家的经典字母袜再次火了起来,短视频平台的播放量一路飙升,让印有 Logo 的黑丝愈发受宠。)某一对引物后,左下角会出现该引物对的一些参数,可以让我们评判好坏,比如发夹结构、二聚体、有没有错配及引物的长度、起始位置、GC含量等,你可以根据自己的要求选择适合自己的引物,如果是小白的话,建议从分数最高的引物对开始测试PCR扩增效果。

06

最后,导出我们想到的引物对信息,点击“File”→ “Print” →“Current Pair”,选择“Primer Pair”进行打印,一般用虚拟PDF打印机如Adobe、福昕、Doro之类的,确定后选择保存位置、名字就可以了,后面我们可以打开输出的PDF软件浏览引物对的信息,并复制这些信息将其送到相应的生物公司进行引物对的合成。


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